开始：2024-11-06 13:30:02
报价截止：2024-11-11 16:00:00
采购方：大连市妇女儿童医疗中心(集团)
项目名称：大连市妇女儿童医疗中心（集团） 铁死亡EMs间质细胞系中lncRNA差异表达分析 (科研服务）采购项目
所属城市：大连市
参数需求
1. 样本准备与处理
样本类型：EMs（子宫内膜异位症）间质细胞系。
样本数量：8例要求每个样本具备相同的处理条件和培养确保数据的可比性。
样本保存：细胞系应保存在液氮中，或使用RNAlater等RNA保护试剂保存，以防止RNA降解。
2. RNA提取与质量检测
提取方法：使用TRIzol法或其他商用RNA提取试剂盒（推荐Qiagen RNeasy Mini Kit），确保高质量的总RNA提取。
质量控制参数：通过NanoDrop 2000（或等效设备）测定，确保RNA浓度≥50 ng/μl。
A260/A280比值：应在1.8至2.0之间，确保无蛋白质污染。
A260/A230比值：应≥2.0，确保无有机污染物。
RNA完整性：使用Agilent 2100 Bioanalyzer进行检测，要求RIN值（RNA完整性数值）≥7.0，理想状态下为8.0以上。
RNA降解检测：使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA降解情况，确保28S/18S比率接近2:1。
3. 反转录与文库构建
反转录过程：使用推荐的cDNA合成试剂盒（如Thermo Fisher SuperScript IV Reverse Transcriptase），确保lncRNA的高效转录。
文库构建方法：采用NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina或TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit for Illumina构建测序文库，具体步骤包括：
样本rRNA去除或polyA选择。
建库过程中要求碱基错误率≤1%。
文库质量检测：使用Agilent 2100 Bioanalyzer进行文库质量检测，确保无扩增偏好或其他文库构建偏差。
4. 高通量测序
测序平台：选择合适的lncRNA芯片平台，如Affymetrix、Agilent等。
数据量：每个样本至少生成20M reads（以确保数据的深度足够）。
文库质量控制：测序数据的Q30评分应≥90%，确保高质量的数据输出。
冗余检查：确保每个文库中重复序列比例低于5%，以避免文库复杂性不足。
5. 数据处理与分析
数据质量控制：使用FastQC（或其他等效工具）对测序数据进行初步质量评估，确保Q30分数合格，未修剪的低质量reads低于5%。采用Trimmomatic或Fastp对原始reads进行质量修剪，去除低质量reads和接头污染。
对齐与定量：使用HISAT2或STAR将清洗后的reads对齐到人类参考基因组（GRCp8/hg38版本）。对齐率应≥80%，未对齐的reads比例应低于20%。
使用StringTie或featureCounts进行lncRNA的表达定量分析，生成FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）或TPM（Transcripts Per Million）值。
差异表达分析：差异表达分析工具：使用DESeq2或edgeR进行差异表达分析。
筛选条件：Fold change（FC）≥2或≤0.5，P值<0.05，False Discovery Rate (FDR) < 0.05。输出的火山图展示显著上调和下调lncRNA的分布情况。
GO和KEGG富集分析：使用ClusterProfiler或DAVID对差异表达lncRNA进行基因本体（GO）和KEGG通路富集分析。
输出的图表包括GO生物过程、细胞成分、分子功能，以及KEGG代谢通路图。
6. 生物信息学分析
lncRNA-miRNA-mRNA调控网络分析：
使用lncBase或miRanda等工具，结合miRNA预测分析差异表达lncRNA的潜在miRNA靶点。构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络，使用Cytoscape绘制调控网络图，展示关键调控节点。
共表达分析：结合已知的铁死亡相关基因，使用WGCNA（加权基因共表达网络分析）构建共表达模块，筛选与铁死亡相关的lncRNA。
lncRNA靶基因预测：使用lncRNA的共表达基因分析其靶基因功能，结合数据库如LncTar或TargetScan，进一步验证lncRNA的潜在功能。
售后服务：1t交货/支付t合同签订后 45 个工作日内
2t交货/支付地点t完整的实验结果，乙方以邮件或百度云盘的形式提供
3t付款方式及条件t付款期为技术服务完成后，待该课题年度经费到账后支付。
4t验收t依据采购文件、本合同约定、国家、地方及行业标准进行验收
5t质量保证期t项目实施完成

本招标项目仅供正式会员查阅，您的权限不能浏览详细信息,请点击注册/登录，联系工作人员办理入网升级。
联系人：刘欣
电话：010-68809590
手机：13522553206（欢迎拨打手机/微信同号）
邮箱：kefu@bidnews.cn